Несмотря на ужасные бедствия, жизнь в Нью-Йорк Зеро пока теплится. Это мир контрастов: паршивое качество текстур и низкая дальность обзора странным образом соседствуют с симпатичными эффектами, а копающиеся в мусорных баках простые горожане — с лощеными сотрудниками корпорации «Гентек». Друг с другом представители социальных слоёв не общаются, ибо распиханы по разным островам. Не сумев реализовать задумку с влиянием игрока на соотношение сил в Prototype, авторы отправили ее под нож: цветные зоны жестко закреплены и открываются по мере прохождения, точно в серии GTA.
